Zatímco Juan Diego je známý svou rolí v mariánských zjeveních, neexistuje žádný důkaz ani tradice, že by sám dělal nějaké zázraky. Zázraky, které se mu připisují, souvisejí s událostmi kolem zjevení, včetně:
1. Tilma Juana Diega: Nejznámějším zázrakem spojeným s Juanem Diegom je obraz Panny Marie, který byl zázračně otištěn na jeho tilmu neboli plášť při jednom ze zjevení. Tilma, která byla vyrobena z nekvalitního kaktusového vlákna a měla se časem rozpadnout, zůstala neporušená a nevykazuje žádné známky poškození nebo vyblednutí.
2. Uzdravení Juana Bernardina: Strýc Juana Diega, Juan Bernardino, byl vážně nemocný a na pokraji smrti, když se Juan Diego při třetím zjevení setkal s Pannou Marií. Panna mu nařídila, aby vzal nějaké květiny, které mu ukázala Bernardinovi, a když se Bernardino dotkl květin, byl okamžitě uzdraven.
Tyto události, ke kterým došlo v souvislosti s mariánskými zjeveními Juana Diega, jsou považovány za zázračné a sehrály významnou roli v uctívání Panny Marie Guadalupské a při kanonizaci Juana Diega.