Teorie „zfalšovaných důkazů“: Tato teorie naznačuje, že Marcosův režim manipuloval s forenzními důkazy na místě Aquinovy vraždy, aby zmanipuloval výsledek vyšetřování. Kritici tvrdí, že vláda pozměnila svědecké výpovědi, vymyslela dokumenty a uvedla v omyl veřejnost, aby se zbavila odpovědnosti za Aquinovu smrt.
Zapojení vládních sil: Někteří věří, že prvky uvnitř filipínské armády nebo vládních sil byly přímo zapojeny do Aquinovy vraždy. Tato teorie tvrdí, že Marcosův režim zorganizoval zásah na Aquina, aby eliminoval potenciálního politického soupeře a potlačil nesouhlas s autoritářskou vládou.
Zakrývání vysoce postavenými úředníky: Tato teorie tvrdí, že vysoce postavení úředníci v Marcosově vládě usnadnili zatajení skutečných okolností kolem Aquinovy smrti. Kritici naznačují, že mocní jedinci v rámci režimu chránili pachatele a skrývali důležité informace, aby si udrželi moc.
Zapojení zahraničních subjektů: Objevily se také konspirace ohledně možného zapojení zahraničních subjektů do Aquinovy vraždy. Tyto teorie často zahrnují země jako Spojené státy nebo jiné zahraniční mocnosti, které mají zájem na udržení svého vlivu na Filipínách. Někteří spekulanti se domnívají, že se mezinárodní prvky mohly spiknout s Marcosovým režimem, aby odstranil Aquina jako hrozbu pro jejich zájmy.
Teorie "obětního beránka": Další konspirace naznačuje, že vláda určila určité jednotlivce jako obětní beránky, kteří nesou odpovědnost za Aquinovu smrt. Kritici tvrdí, že nevinní lidé byli obviňováni a neprávem odsouzeni, aby chránili skutečné strůjce za atentátem.
Stojí za zmínku, že tyto konspirační teorie nebyly definitivně prokázány a mnozí se domnívají, že vyšetřování Aquinovy smrti mělo několik nesrovnalostí. Oficiální závěr filipínského nejvyššího soudu z roku 2010 prohlásil, že za zločin je vinna armáda, ale výslovně nezapletl tehdejšího prezidenta Ferdinanda Marcose ani jeho manželku Imeldu.