Zatímco Bible neposkytuje explicitní důvody, učenci navrhli různé možné důvody pro odchod Johna Marka. Zde je několik potenciálních důvodů:
Nevyzrálost nebo nedostatečná příprava :John Mark mohl být mladý nebo nezkušený pro těžkosti a výzvy misionářské cesty. Obtíže a nejistoty cesty ho mohly přemoci nebo odradit, což vedlo k jeho rozhodnutí odejít.
Stesk po domově :John Mark mohl cítit silnou vazbu ke své rodině, přátelům nebo domovu v Jeruzalémě. Mohl postrádat známé prostředí a pohodlí svého předchozího života, což ho přimělo k návratu.
Neshody nebo osobní konflikty :I když neexistují žádné přímé důkazy o konfliktu, rozdíly v názorech, osobnostech nebo přístupech mezi Johnem Markem a ostatními misionáři mohly přispět k napětí a jeho případnému rozhodnutí odejít.
Změna plánů nebo priorit :Je možné, že Jan Mark měl osobní důvody nebo povinnosti, které vyžadovaly, aby se vrátil do Jeruzaléma. Možná měl doma důležité povinnosti nebo závazky, kterým se musel věnovat.
Stojí za zmínku, že odchod Johna Marka trvale nenarušil jeho vztah s Pavlem a Barnabášem. Zmiňuje se o něm později v Novém zákoně a zdá se, že se usmířili a pokračovali ve spolupráci i v budoucnu (např. Koloským 4:10).